PORTEUR : Vincent NÈGRE
CATI/PEPI : CATI CODEX
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet pilote
RÉSUMÉ DU PROJET :
Le projet vise à mettre en place une plateforme prototype de collecte de données environnementales permettant d’assurer le suivi d’agrosystèmes (vigne notamment) sur la parcelle expérimentale du campus de SupAgro, en continuité des observatoires d’agroécosystèmes méditerranéens mis en place pour réponse aux changements climatiques (projet MOMAC, Agropolis Fondation). La plateforme de mesures in situ s’appuiera sur l’utilisation de capteurs co-localisés (données édaphiques et micro-climatiques) sur une parcelle viticole, communiquant via un réseau sans fil, ces données étant ensuite transférées vers les autres observatoires.
PORTEUR : Bernard BENET
CATI/PEPI : CATI SICPA
PORTEUR : Jocelyn DE GOËR
CATI/PEPI : CATI IMOTEP
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet structurant : animation d’une communauté
RÉSUMÉ DU PROJET : Depuis ces dernières années, le développement de l’Intelligence Artificielle et plus particulièrement, les méthodes de Deep Learning, ont connu des avancées significatives et trouvent de nombreuses applications au sein des Unités de Recherche INRAE. Afin de permettre à la communauté des CATIs de monter en compétences dans ce domaine, nous proposons d’organiser au printemps 2023, un atelier de formation, permettant de découvrir au travers d’exemples concrets, différents cas d’usage du Deep Learning et l’utilisation des ressources de calcul, mises à disposition à la communauté des CATIs (plateformes CATI Cloud Computing et Collab.IA).
PORTEUR : Raphaël FLORES
CATI/PEPI : CATI GREP
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet structurant : poursuite et consolidation de l’animation interCATI Work4Graph via un hackathon/bootcamp adossé d’une formation (intégration et visualisation de connaissances en graphe avec Neo4J)
RÉSUMÉ DU PROJET :
Suite aux deux workshops Work4graph dédiés à la visualisation, puis à l’intégration de données en graphe, les membres du collectif Work4graph proposent la tenue d’un bootcamp à l’ISC-PIF. Il vise à partager parmi les participants les modélisations, codes et scripts d’intégration, usage d’ontologies pour faciliter l’intégration de données, et exploitation des API pour proposer des visualisations dédiées, en exploitant notamment les outils de l’écosystème Neo4J (Neo4J Desktop, Neosemantics, Graph Data Science, Bloom…
PORTEUR : Kenji OSE
CATI/PEPI : CATI GEDEOP
PORTEUR : ALLEAUME Samuel
PORTEUR : Florian DE BOISSIEU
CATI/PEPI : CATI GEDEOP
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet pilote et structurant
RÉSUMÉ DU PROJET :
Ce projet ENTRAIDD, Espace Numérique pour le TRAItement de Données Drones, vise : à mettre en place une plateforme mutualisée hébergeant des services avancés pour pré-traiter les données acquises par drone (optique, lidar, thermique) ; à proposer des guides de bonnes pratiques pour structurer la communauté INRAE des pilotes et utilisateurs, au travers d’ateliers et de formations. La gestion des données se fera en cohérence avec les principes FAIR et l’écosystème des services INRAE, notamment l’entrepôt institutionnel data inrae, ainsi que la future infrastructure de données géographiques (IDG) qui sera le canal privilégié de valorisations.
PORTEUR : Bernard BENET
CATI/PEPI : CATI SICPA
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet pilote
RÉSUMÉ DU PROJET :
Le projet consiste à développer et tester différents systèmes de mesure d’une part dans des exploitations expérimentales viticoles et d’autre part dans des élevages ovins et bovins, pour acquérir des données provenant de différents capteurs de perception (caméras, lasers, capteurs de sons) et traiter ces données à la source, en temps réel. Des outils informatiques mono-cartes de petits volumes et performants, tels que les cartes Raspberry pi ou Jetson Nano, seront mis en applications pour étudier leur potentiel pour répondre aux besoins de ces traitements sur place.
PORTEUR : François JOHANY
CATI/PEPI : CATI GEDEOP
PORTEUR : Jocelyn DE GOER
CATI/PEPI : CATI IMOTEP
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet pilote
RÉSUMÉ DU PROJET :
Le projet Game-PLAAI – Game and Participation: Live Analysis by Artificial Intelligence, a pour objectif de développer et faire la «preuve du concept» d’un workflow de traitement et d’analyse de données vidéo (logiciel et matériel), basée sur l’utilisation du deep learning, pour répondre aux besoins des chercheurs mobilisant des approches participatives. Le projet s'intéresse en premier lieu à la mobilisation des jeux sérieux comme modèle de ces processus participatifs, utilisant un objet de médiation. Les serious games constituent un cas d’étude pour la captation de données vidéo d’observation, l'entraînement d’une IA à reconnaître des interactions (joueurs/jeu et joueurs/joueurs), et le calibrage des analyses produites. Le projet mobilise les compétences de plusieurs CATIs (GEDEOP, IMOTEP et SIP), l’infrastructure de calcul COLAB.IA soutenue par la DipSO en 2021 et le plateau technique de captation et les compétences sur le participatif et jeux sérieux de la plateforme GAMAE.
PORTEUR : Patrick CHABRIER
CATI/PEPI : CATI IUMAN
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet structurant : animation PEPI « réseau GEOC » et liens entre les CATIs IUMAN, CODEX & eMPrEInTE (action ouverte aux autres CATIs)
RÉSUMÉ DU PROJET :
Galaxy est un framework web créé par la communauté de recherche sur la génomique, largement utilisé dans ce domaine pour répondre aux problématiques de traitement de données et de gestion de workflows d’analyses in silico (reproductibilité, partage, accès aux ressources de calcul, aux banques de données…). Depuis 2017, l’initiative GEOC a pour vocation de monter en compétence sur la base du partage d’expériences de productions pour des besoins opérationnels d’instances galaxy au-delà du périmètre de la génomique. L’enjeu de ce nouveau projet est de franchir un cap dans l’automatisation des chaînes de développement de façon collective selon 2 axes : - la conception de modèles d’encapsulation réutilisables pour faciliter le développement et le déploiement d’applications et d’applications web dans le framework Galaxy. - la conception de chaînes d’intégration et de déploiement continu standardisées, reposant sur les services de la forge GitLab (https://forgemia.inra.fr) pour le déploiement d’applications et d’applications web sur le framework galaxy.
PORTEUR : Jacques LAGNEL
CATI/PEPI : CATI PlantBreed
PORTEUR : Yannick DE OLIVEIRA
CATI/PEPI : CATI PlantBreed
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet de type atelier hackathon
RÉSUMÉ DU PROJET :
Dans la continuité des Hackathons 2019, 2020 (en distanciel) et 2021, nous proposons d’organiser un autre événement de ce type pour poursuivre la structuration de la communauté des ingénieurs en bioinformatique travaillant sur les données omiques, intégrer les nouveaux arrivants, mutualiser nos compétences et travailler ensemble sur des projets communs lorsque les thématiques sont partagées par nos CATI respectifs. Notre objectif cette année sera d’encourager les participants à proposer des sujets et cas d’utilisation afin d’organiser des ateliers parallèles en mode hackathon.
PORTEUR : Véronique BRUNAUD
CATI/PEPI : PEPI IBIS
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet structurant de type séminaire
RÉSUMÉ DU PROJET :
Le PEPI IBIS souhaite poursuivre les animations au niveau des différents pôles existants, notamment les pôles “annotation de génomes” et “métagénomique”. Il va également proposer à la communauté deux nouveaux pôles thématiques autour de l’intelligence artificielle (IA) et du text-mining. C’est dans ce cadre que le PEPI IBIS propose l’organisation de deux journées distinctes ouvertes à l’ensemble de la communauté afin d’échanger sur ces thématiques.
PORTEUR : Olivier FILANGI
CATI/PEPI : CATI eMPrEInTE / CATI PROSODIe / DipSO
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet structurant
RÉSUMÉ DU PROJET :
Le projet MetaSaurus se propose de mettre en relation et de réunir des experts de l’ingénierie des connaissances et des experts en science des données du domaine de la métabolomique avec pour objectifs de bâtir un modèle de connaissance adapté aux études métabolomiques en s'appuyant sur les ontologies, thésaurus et vocabulaires contrôlés publiés, afin d’en extraire une méthodologie de construction d'un modèle des connaissances pour une communauté scientifique à partir de ce cas d'usage dans le but ultime d’enrichir le thésaurus INRAE des concepts de ce modèle de connaissance qui ne sont pas encore formalisés.
PORTEUR : Jean-François REY
CATI/PEPI : CATI IMOTEP / PEPI-2G / Pépinière Avignon
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet structurant de type formation et hackathons
RÉSUMÉ DU PROJET :
Le projet consiste à consolider une communauté R Inrae en proposant la gestion et l'hébergement d'applications R-Shiny à INRAE (Formation & Hackathon).
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE PORTEUSE ET RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : projet structurant de type animation d’une communauté
RÉSUMÉ DU PROJET :
Les journées sysinfo@INRAE ont comme but de fédérer les chercheurs, ingénieurs et « usagers » des systèmes d’information pour l’agriculture et l’environnement au sein de INRAE tout en ayant des éclairages et retours d'expériences et état de l'art d'intervenants de la recherche académique française.
PORTEUR : Alexandre JOURNAUX
CATI/PEPI : CATI SICPA
COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :
TYPE DE PROJET : Projet structurant type hackathon
RÉSUMÉ DU PROJET :
L’objectif de ce projet est d’organiser un hackathon afin de construire une communauté INRAE autour de la technologie Xamarin et de développer des briques logicielles communes, réutilisables et interopérables qui seront mises à disposition à travers une forge, sous licence open source.
RÉSULTATS :
Nous avons mis en place une charte graphique qui se base sur la charte graphique INRAE.
Cette charte est basée sur des styles intégrables facilement dans le code. Elle est composée de différents élements graphiques : icons, polices de caractère, couleurs, boutons, …
Charte graphique disponible ici : https://forge-dga.jouy.inra.fr/attachments/download/16271/Charte_graphique.zip
Nous avons développé un template qui facilite la création d'une nouvelle application.
Cela permet aussi de normaliser le code et d'uniformiser les applications (menu, formulaire, bouton, …).
Le template intègre la charte graphique.
Ce template est disponible ici : https://forge-dga.jouy.inra.fr/attachments/download/16272/INRAETemplate.zip