Vue d'ensemble des propositions de CATI-3G à la phase d'AMI. L'objectif était de situer ces propositions par rapport aux domaines du SDN. Pour le domaine de recherche, nous avons tenté d’aller plus loin en les situant dans un espace croisant 3 dimensions : l’“objet” d’étude, les échelles étudiées (des gènes aux agro-socio-écosystèmes et l’activité dominante sur un gradient données–modèles. L’objectif était aussi de voir les adhérences, interactions, chevauchements possibles à ces propositions. Pour cela, nous avons aussi proposé des clusters : Omics, Génétique et phénotypage, données des systèmes, modélisation des systèmes et “systems biology”. La figure composée de 2 losanges reliés par un trait représente des CATIs se situant sur plusieurs objets voire domaines non voisins sur le graphique.
Acronyme | Nom Détaillé Porteur(s) Opérationnels(s) | Département(s)/DAR pilote(s) | Effectif 2019 - 2024 |
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BARIC | Bioinformatique pour l’Analyse, la Représentation et Intégration de Connaissances | Martine DA ROCHA, Nicolas LAPALU & Fabrice LEGEAI (SPE) | [SPE], BAP, AGROECOSYSTEM | 30—>36 |
BIOS4Biol | Bio-informatique et Statistiques pour la Biologie / Bioinformatics Statistics for Biology | Luc JOUNEAU (SA), Géraldine PASCAL (PHASE) | [MATHNUM , GA], ECODIV, BAP, TRANSFORM, PHASE, SA | 34—>44 |
BOOM | Bioinformatics for Omics and metaOmics of Microbes | Hélène CHIAPELLO (MICA), Valentin LOUX (MATHNUM) | [MATHNUM, MICA], PHASE | 29—>38 |
CITISES | Centre Informatisé du Traitement de l'Information en Sciences Économiques et Sociales | Annie HOFSTETTER, Fabrice Levert (ECOSOCIO), Alban THOMAS (ECOSOCIO) | [ECOSOCIO], ALIMH | 34—>40 |
CODEX | COnnaissance et Données EXpérimentales | Eric LATRILLE (AGROECOSYSTEM), Isabelle ALIC (MATHNUM) | [MATHNUM, AGROECOSYSTEM], TRANSFORM, SPE, BAP, MICA, ALIMH | 22—>30 |
CTIG | Centre de Traitement de l’Information Génétique | Marc Laval (GA) | [GA] | 16—>12 |
DIISCICO | Développements Informatiques pour l’Instrumentation, le Suivi, le Contrôle et l’Intégration des Connaissances sur les prOcédés | Patrice BUCHE, Christophe LANGRUME (SPE) | TRANSFORM , MATHNUM, ACT, ALIMH, PHASE, ECODIV, AGROECOSYSTEM, SPE | 41—>31 |
eMPrEInTE | Molecular PhEnotyping and bIochemical daTa Engineering | Franck GIACOMONI (ALIMH), David LEGLAND (TRANSFORM) | [ALIMH, TRANSFORM] | 17—>31 |
GEDEOP | GEstion des Données d’Expérimentations, d’Observations et de Pratiques sur les agro-socio-éco-systèmes | Wilfried HEINTZ (ECODIV) | [ECODIV], ACT, AGROECOSYSTEM, AQUA, MATHNUM, SPE | 66—>92 |
GREP | Genomics Research Environment for Plants | Johann CONFAIS & Raphaël FLORES (BAP) | [BAP], SPE, ECODIV | 26—>21 |
IMOTEP | Information, Modèles et Traitement des données en Epidémiologie et dynamique de Populations | Thierry HOCH (SA), Emily WALKER (MATHNUM) | MATHNUM, SA, SPE, ECODIV, ALIMH | 31—>50 |
IUMAN | Informatisation et Utilisation des Modèles pour les Agroécosystèmes Numériques | Patrick CHABRIER (MATHNUM) | [AGROECOSYSTEM, MATHNUM], ACT, ECODIV, PHASE, ECOSOCIO, SPE, AQUA | 51—>54 |
PlantBreed | Software Environment for Plant Selection | Alain CHARCOSSET, Yannick DE OLIVEIRA & Jacques LAGNEL (BAP) | [BAP] | 18—>24 |
PROSODIe | Compilations Reproductibilité et Qualité pour l’Informatique Scientifique | Sophie AUBIN & Tovo RABEMANANTSOA (DipSO) | [MATHNUM, DipSO], BAP, DICSDAR, TRANSFORM, ALIMH, ECODIV, AGROECOSYSTEM, AQUA | 19—>29 |
SICPA | Systèmes d'informations et calcul pour le phénotypage animal | François LAPERRUQUE (GA), Bernadette URBAN (PHASE) | [GA, PHASE] | 28—>33 |
SIP | Services Informatiques de Proximité | Patrick BERGER (TRANSFORM), Ghyslian SEVENIER (AGROECOSYSTEM) | DSI et départements (ACT, AGROECOSYSTEM,ALIMH…) | ~100—>100 |
SoNET | Socle numérique et expertises transverses | Olivier SCHNEIDER (DSI) | DSI, Diagonal, DRH, DICSDAR, DPCE, DPI, GEVES, DiFA | ~150—>179 |
SysMics | Systems Biology for Omics | Sandra DÉROZIER (MATHNUM), Johann JOETS (BAP) | [MATHNUM, BAP], MICA | 18—>20 |
Comme pour les deux premières campagnes d’homologation a été mise, une commission a été mise en place en 2017. L’objectif était notamment que cette troisième génération de Catis soit en mesure de servir les nouveaux enjeux du numérique. La commission a été construite avec la volonté d’incorporer des niveaux de compétences, de points de vue, et de responsabilités diversifiées dans les domaines de l’informatique scientifique et d’appui.
Sa composition était la suivante :
Les principales étapes de travail de la commission ont été les suivantes :
La commission d’homologation a opéré en 2 phases, l’appel à manifestation d’intérêt et l’homologation des projets finaux. La première phase a abouti à 21 manifestations d’intérêt. A l’issue de l’analyse de celles-ci, la commission a proposé d’aller vers des regroupements, fusions, et reconfigurations plus fortes et les plus cohérentes possibles de plusieurs projets de CATIs, aboutissant potentiellement à des CATIs de plus grande taille partageant des questions transversales communes. Pour la seconde phase, la commission d’homologation a reçu 18 projets finaux, soit un peu moins qu’en 2012 (21 CATIs avaient été homologués, dont 18 scientifiques). Un travail « en amont », conduit par les départements (et dans bien des cas, en inter départements) et par les directions d’appui, en lien avec les Catis, a été nécessaire pour construire des CATIs ayant un réel adossement à une orientation scientifique ou d’appui assumé.