GEOC

Réseau INRAE GEOC, Galaxy Extra Omic Community

Partage d'expérience et de pratiques en informatique pour le déploiement et l'exploitation de sites web https://galaxyproject.org/ au-delà du périmètre de la bioinformatique.

Les CATIs porteurs:

Empreinte, Molecular PhEnotyping and bIochemical daTa Engineering

IUMAN, Informatisation et Utilisation des Modèles pour les Agroécosystèmes Numérique

Codex, COnnaissance et Données EXpérimentales

Objectifs :

Constituer et animer une communauté INRAE autour de l’exploitation du moteur de workflow Galaxy pour des usages hors du domaine d'application natif de Galaxy en recherche (simulation des agro écosystèmes, traitement données de spectrométrie, outil de classification de micro-polluants organiques, métabolomique, …).

Proposer des méthodologies autour de l'ingénierie Galaxy intégrant des démarches orientées “science reproductible” & FAIR

Echanger des informations sur les infrastructures informatiques répondant aux besoins des instances Galaxy (usegalaxy.eu, usegalaxy.fr, mesocentre, France Grille, EGI)

Explorer les nouvelles fonctionnalités de Galaxy/Formation : administration avec ansible, interactive tools, ….

Développer des outils en collaboration

Mette en place une méthodologies d’intégration et de packaging d’outils utilisant les technologies préconisées par les développeurs de Galaxy et assurer un partage et un bon niveau de reproductibilité (singularity, docker, conda)

Participer à l'animation de la communauté au niveau international

Mettre en place des actions pédagogiques & produire des supports

contacts :

Franck Giacomoni franck.giacomoni@inrae.fr

Eric Latrille eric.latrille@inrae.fr

Patrick Chabrier patrick.chabrier@inrae.fr

La liste de diffusion:

geoc@groupes.renater.fr

Mots clés:

galaxy project, science ouverte, environnement de recherche virtuel, workflow