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Lauréats 2024 : 7 projets SaPIs

Introduction

Le comité d’attribution des Soutiens à Projets Innovants et structurants (SaPIs) s’est réuni le vendredi 19 janvier de 13h à 17h et le lundi 22 janvier de 15h à 16h en visioconférence. Le comité était composé de Alexandre Dehne Garcia, Eric Maldonado, Jean-François Rey et Sandrine Sabatié au titre de la Cellule d’Animation des Métiers du Numérique INRAE (DipSO), Hadi Quesneville (Directeur Adjoint DipSO, en charge du numérique), Stéphane Paris (Représentant DSI), Gaële Schoenacker (Représentante Pépinière Numérique) et Laurence Rouseau (Représentante externe, DSI CIRAD).

Neuf dossiers ont été soumis, pour un montant total de 135 400 € dont 96 200 € demandés au titre de 2024, 39 200 € sur 2025 et 0 € pour 2026. Sept dossiers ont été sélectionnés pour des montants financés à hauteur de 70 950 € sur 2024 et 19 200 € sur 2025, sachant que les comités précédents avaient déjà attribué pour l’année 2024 : 5 000 € sur l’appel SaPIs 2022, et 26 650 € sur celui de 2023.

Le comité constate que le nombre de dossiers déposés est en diminution mais toujours d’une grande diversité. Il note une part importante de sujets et actions déjà financés les précédentes années. Ces financements sont souvent apparus comme récurrents et présentant beaucoup moins les aspects innovants ou structurants qui font l’ADN des SaPIs. De plus, la commission a relevé, comme chaque année, que certains projets étaient à la frontière de l'animation scientifique et/ou de la formation et mériteraient d'être plus légitimement financés par les départements ou les infrastructures de recherche et/ou la Formation Tout au Long de la Vie (FTLV) de la DRH.

Le comité a évalué la qualité et l’impact portés par les dossiers. Il a soutenu particulièrement les projets structurant la communauté, ceux présentant clairement un travail collectif impliquant plusieurs CATI. Les dossiers ne présentant pas très clairement ces aspects n’ont pas été acceptés ou financés uniquement sur la partie structurante.

Projet ENTRAIDD

Espace Numérique d’échanges et de pratiques pour le TRAItement de Données Drones.

PORTEURS : Nadia GUIFFANT*, Samuel ALLEAUME, Florian DE BOISSIEU

CATI/PEPI(*porteur) : GEDEOP*

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Samuel ALLEAUME, UMR TETIS

Laurent BORGNIET, UMR LESSEM

Florian DE BOISSIEU, UMR TETIS

Fabien GUERRA, UMR RECOVER

Nadia GUIFFANT, UMR TETIS

Wilfried HEINTZ, UMR Dynafor

Audrey JOLIVOT, UMR TETIS

Didier LE THIEC, UMR SILVA

Alexia MATHOU, UEFP

Daniel MOURA, UMR ITAP

TYPE DE PROJET : projet structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le projet vise à i) structurer la communauté INRAE des pilotes de drones et utilisateurs des données acquises, au travers d’animations techniques sous forme de séminaires et d’ateliers ; ii) co-construire des guides méthodologiques pour acquérir et traiter des données issues de drones ; iii) participer aux pratiques de gestion des données selon les principes FAIR et l’écosystème des services INRAE, notamment l’entrepôt institutionnel ; iv) poursuivre l’étude de faisabilité d’une plateforme commune de traitement sur la base des besoins identifiés et des produits existants.

Projet Hackathon inter-CATI omics

PORTEURS : Martine DA ROCHA

CATI/PEPI(* porteur) : BARIC*, BIOS4Biol, BOOM, GREP, PlantBreed

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

F. LEGEAI, M. DA ROCHA, N. LAPALU

C. HOEDE, G. PASCAL, L. JOUNEAU

H. CHIAPELLO, C. MIDOUX, V. LOUX

M. ALAUX, J. CONFAIS, R. FLORES

J. LAGNEL, Y. DE OLIVEIRA

TYPE DE PROJET : projet structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

La communauté des CATI omiques (BARIC, BIOS4Biol, BOOM, GREP, PlantBreed) organise depuis 2019 (4 précédentes éditions) un hackathon annuel. Ces événements ont permis une structuration forte de la communauté des ingénieurs en bioinformatique travaillant sur les données omiques, d’intégrer les nouveaux arrivants, mutualiser nos compétences et travailler ensemble sur des projets communs et innovants lorsque les thématiques sont partagées par nos CATI respectifs. L’objectif pour 2024 est d’organiser de nouveaux ateliers pour la co-conception de solutions innovantes pour le traitement, l’analyse, l’intégration de données omiques.

PRODUCTION DU PROJET :

https://forgemia.inra.fr/inter_cati_omics/hackathon_inter_cati_2024_sete/-/tree/main

Projet INRAgilE

Construire une communauté de pratique autour de l’agilité

PORTEURS : Marie-Hélène MOIREZ-CHARRON*

CATI/PEPI(porteur*) : PEPI-2G*, SCIPA, SoNET

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Marie-Hélène MOIREZ-CHARRON

Alexandre JOURNAUX

Sophie NORMANT

Eric MALDONADO

TYPE DE PROJET : projet structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

L’agilité est devenue depuis quelques années une méthode très pratiquée dans la gestion des projets informatiques. Nous souhaitons capitaliser les expériences et créer une communauté sur cette pratique au sein d’INRAE. Nous envisageons d’organiser un séminaire en 2025 pour échanger et se former à l’agilité. En 2024, nous construirons le programme en mobilisant des forces en interne accompagnées par des experts de la méthode.

Projet PANANNOT

PORTEURS : Nicolas LAPALU*

CATI/PEPI(*porteur) : BARIC*, GREP, PlantBreed BIOS4Biol

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Nicolas LAPALU

Johann CONFAIS

Fabrice LEGEAI

Jacques LAGNEL

Ludovic DUVAUX

TYPE DE PROJET : projet structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

Tester et implémenter des solutions pour produire, décrire et manipuler des graphes de pangénomes et les annotations associées (gènes et éléments transposables). Un attendu fort est de permettre l’intégration d’annotations issues d’outils complémentaires dans les approches pangénomiques (ex PanREPET pour les TE). Il s’agit de développer des services automatisés, pour stocker et décrire les données sources, déclencher automatiquement des traitements (workflows) par intégration continue. Le projet permettra de consolider un collectif qui a été initié dans des actions précédentes et souhaite se renforcer pour mutualiser son travail et monter en compétence.

PRODUCTION DU PROJET :

https://forgemia.inra.fr/panannot

Projet SHARE-OMICS

PORTEURS : Véronique BRUNAUD*

CATI/PEPI(*porteur) : SysMics*, BOOM, BARIC

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Véronique BRUNAUD

Hélène CHIAPELLO

Fabrice LEGEAI

TYPE DE PROJET : projet pilote et structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le but du projet est de rassembler, partager et expertiser des jeux de données intégrant différents types de données “omiques” au sein de différents CATI, en impliquant des ingénieur·e·s de différentes équipes ayant des compétences complémentaires. La 1ère année, nous organiserons plusieurs réunions dont une en présentielle afin de définir les besoins, les critères et les modalités de sélection de jeux de données . Puis en 2nd année, nous recruterons un stagiaire de Master pendant 6 mois pour collecter, décrire et intégrer les données essentiellement en génomique, transcriptomique, métabolomique et protéomique.

Projet SK8

Projet SK8 : Gestion et hébergement d’applications R-Shiny @INRAE

PORTEURS : Elise MAIGNÉ*

CATI/PEPI(*porteur) : Bios4Biol*, IMOTEP, CODEX, GEDEOP, IUMAN, SoNet, Baric, CITISES, BOOM

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Jean-François REY

Elise MAIGNÉ

Isabelle SANCHEZ

Florent BLAISE

Patrick CHABRIER

Eric MALDONADO

Joseph TRAN

David CARAYON

Cédric MIDOUX

TYPE DE PROJET : projet structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le projet SK8 propose un service d’hébergement d’applications R-Shiny avec les outils et les infrastructures mises à disposition dans l’institut INRAE. Le projet est en fin de phase 2 (consolidation et pérennisation) et souhaiterait fédérer ses utilisateurs en organisant une journée annuelle pour les utilisateurs du service (comité des utilisateurs).

Site du projet SK8 : https://sk8.inrae.fr/

Site de la journée à destination de ses utilisateurs : https://sk8.pages.mia.inra.fr/journee_shiny_inrae/edition_2025/ et https://sk8.pages-forge.inrae.fr/journee_shiny_inrae/edition_2026/

Projet WebSemPilot

PORTEURS : François MOREEWS*

CATI/PEPI(porteur*) : SICPA*, eMPrEInTE, BARIC

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

François MOREEWS

Olivier FILANGI

Mateo BOUDET

TYPE DE PROJET : projet structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le projet WebSemPilot a pour objectif de rassembler les initiatives de développement liées aux API et composants logiciels exploitant les technologies du web sémantique au sein d'INRAE. S'inscrivant dans le contexte global de la FAIRisation des données dans le domaine des sciences du vivant, ce projet envisage l'organisation d'un séminaire ainsi que la facilitation de plusieurs hackathons. Toutes les ressources, y compris la documentation, les tutoriels et les codes sources, seront accessibles sur un dépôt logiciel de la forge INRAE. Cette démarche vise à initier une action d'animation ayant pour ambition d'être pérennisée.