Lauréats 2022 : 13 projets SaPI

PROJET agri@IOT

PORTEUR : Vincent NÈGRE

CATI/PEPI : CATI CODEX

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Vincent NÈGRE, UMR LEPSE, Gil DE SOUSA, UR TSCF, CATI CODEX

François LAPERRUQUE, Thierry HEIRMAN, Jean-François BOMPA, CATI SICPA

Mario ADAM, UMR SAS Rennes, CATI GEDEOP

Fabrice VINATIER, Sébastien TROIANO, Arnaud DUBREUIL, Olivier HUTTEL, UMR LISAH

Benoît PALLAS, UMR LEPSE

TYPE DE PROJET : projet pilote

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le projet vise à mettre en place une plateforme prototype de collecte de données environnementales permettant d’assurer le suivi d’agrosystèmes (vigne notamment) sur la parcelle expérimentale du campus de SupAgro, en continuité des observatoires d’agroécosystèmes méditerranéens mis en place pour réponse aux changements climatiques (projet MOMAC, Agropolis Fondation). La plateforme de mesures in situ s’appuiera sur l’utilisation de capteurs co-localisés (données édaphiques et micro-climatiques) sur une parcelle viticole, communiquant via un réseau sans fil, ces données étant ensuite transférées vers les autres observatoires.

PROJET Atelier d’Initiation au Deep Learning pour les CATIs

PORTEUR : Bernard BENET

CATI/PEPI : CATI SICPA

PORTEUR : Jocelyn DE GOËR

CATI/PEPI : CATI IMOTEP

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Vincent NÈGRE, Michaël LAMBOEUF, Eric LATRILLE, CATI CODEX

Jocelyn DE GOËR, Yann FRENDO, CATI IMOTEP

Bernard BENET, Yann LABRUNE, CATI SICPA

TYPE DE PROJET : projet structurant : animation d’une communauté

RÉSUMÉ DU PROJET : Depuis ces dernières années, le développement de l’Intelligence Artificielle et plus particulièrement, les méthodes de Deep Learning, ont connu des avancées significatives et trouvent de nombreuses applications au sein des Unités de Recherche INRAE. Afin de permettre à la communauté des CATIs de monter en compétences dans ce domaine, nous proposons d’organiser au printemps 2023, un atelier de formation, permettant de découvrir au travers d’exemples concrets, différents cas d’usage du Deep Learning et l’utilisation des ressources de calcul, mises à disposition à la communauté des CATIs (plateformes CATI Cloud Computing et Collab.IA).

PROJET BootCamp Work4Graph

PORTEUR : Raphaël FLORES

CATI/PEPI : CATI GREP

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Raphaël FLORES, CATI GREP

Sandra DÉROZIER, CATI SysMics

TYPE DE PROJET : projet structurant : poursuite et consolidation de l’animation interCATI Work4Graph via un hackathon/bootcamp adossé d’une formation (intégration et visualisation de connaissances en graphe avec Neo4J)

RÉSUMÉ DU PROJET :

Suite aux deux workshops Work4graph dédiés à la visualisation, puis à l’intégration de données en graphe, les membres du collectif Work4graph proposent la tenue d’un bootcamp à l’ISC-PIF. Il vise à partager parmi les participants les modélisations, codes et scripts d’intégration, usage d’ontologies pour faciliter l’intégration de données, et exploitation des API pour proposer des visualisations dédiées, en exploitant notamment les outils de l’écosystème Neo4J (Neo4J Desktop, Neosemantics, Graph Data Science, Bloom…

PROJET ENTRAIDD

PORTEUR : Kenji OSE

CATI/PEPI : CATI GEDEOP

PORTEUR : ALLEAUME Samuel

PORTEUR : Florian DE BOISSIEU

CATI/PEPI : CATI GEDEOP

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Samuel ALLEAUME, UMR TETIS

Florian DE BOISSIEU, Kenji OSE, UMR TETIS, CATI GEDEOP

Wilfried HEINTZ, UMR Dynafor, CATI GEDEOP

Emmanuel BLOQUEL, UE Citrus

TYPE DE PROJET : projet pilote et structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

Ce projet ENTRAIDD, Espace Numérique pour le TRAItement de Données Drones, vise : à mettre en place une plateforme mutualisée hébergeant des services avancés pour pré-traiter les données acquises par drone (optique, lidar, thermique) ; à proposer des guides de bonnes pratiques pour structurer la communauté INRAE des pilotes et utilisateurs, au travers d’ateliers et de formations. La gestion des données se fera en cohérence avec les principes FAIR et l’écosystème des services INRAE, notamment l’entrepôt institutionnel data inrae, ainsi que la future infrastructure de données géographiques (IDG) qui sera le canal privilégié de valorisations.

PROJET FAVEC

PORTEUR : Bernard BENET

CATI/PEPI : CATI SICPA

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Bernard BENET, Edoardo TEDESCO, Jean-François BOMPA, Bernadette URBAN, François LAPERRUQUE – CATI SICPA

Vincent NÈGRE – CATI CODEX

Christian FOURNIER – CATI IUMAN

TYPE DE PROJET : projet pilote

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le projet consiste à développer et tester différents systèmes de mesure d’une part dans des exploitations expérimentales viticoles et d’autre part dans des élevages ovins et bovins, pour acquérir des données provenant de différents capteurs de perception (caméras, lasers, capteurs de sons) et traiter ces données à la source, en temps réel. Des outils informatiques mono-cartes de petits volumes et performants, tels que les cartes Raspberry pi ou Jetson Nano, seront mis en applications pour étudier leur potentiel pour répondre aux besoins de ces traitements sur place.

PROJET Game-PLAAI

PORTEUR : François JOHANY

CATI/PEPI : CATI GEDEOP

PORTEUR : Jocelyn DE GOER

CATI/PEPI : CATI IMOTEP

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

François JOHANY, CATI GEDEOP, Plateforme GAMAE

Jocelyn DE GOER, Yann FRENDO, CATI IMOTEP, Plateforme CoLab.IA

Sylvain DERNAT, Plateforme GAMAE

Séverine BORD, CATI IMOTEP

Simon SAYEGH, CATI SIP

TYPE DE PROJET : projet pilote

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le projet Game-PLAAI – Game and Participation: Live Analysis by Artificial Intelligence, a pour objectif de développer et faire la «preuve du concept» d’un workflow de traitement et d’analyse de données vidéo (logiciel et matériel), basée sur l’utilisation du deep learning, pour répondre aux besoins des chercheurs mobilisant des approches participatives. Le projet s'intéresse en premier lieu à la mobilisation des jeux sérieux comme modèle de ces processus participatifs, utilisant un objet de médiation. Les serious games constituent un cas d’étude pour la captation de données vidéo d’observation, l'entraînement d’une IA à reconnaître des interactions (joueurs/jeu et joueurs/joueurs), et le calibrage des analyses produites. Le projet mobilise les compétences de plusieurs CATIs (GEDEOP, IMOTEP et SIP), l’infrastructure de calcul COLAB.IA soutenue par la DipSO en 2021 et le plateau technique de captation et les compétences sur le participatif et jeux sérieux de la plateforme GAMAE.

PROJET : GEOC 2.0

PORTEUR : Patrick CHABRIER

CATI/PEPI : CATI IUMAN

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Patrick CHARBRIER et Estelle ANCELET, CATI IUMAN

Franck GIACOMONI et Lain PAVOT, CATI eMPrEInTE

Eric LATRILLE, Jean-Claude BOULET et Virginie ROSSARD, CATI CODEX

TYPE DE PROJET : projet structurant : animation PEPI « réseau GEOC » et liens entre les CATIs IUMAN, CODEX & eMPrEInTE (action ouverte aux autres CATIs)

RÉSUMÉ DU PROJET :

Galaxy est un framework web créé par la communauté de recherche sur la génomique, largement utilisé dans ce domaine pour répondre aux problématiques de traitement de données et de gestion de workflows d’analyses in silico (reproductibilité, partage, accès aux ressources de calcul, aux banques de données…). Depuis 2017, l’initiative GEOC a pour vocation de monter en compétence sur la base du partage d’expériences de productions pour des besoins opérationnels d’instances galaxy au-delà du périmètre de la génomique. L’enjeu de ce nouveau projet est de franchir un cap dans l’automatisation des chaînes de développement de façon collective selon 2 axes : - la conception de modèles d’encapsulation réutilisables pour faciliter le développement et le déploiement d’applications et d’applications web dans le framework Galaxy. - la conception de chaînes d’intégration et de déploiement continu standardisées, reposant sur les services de la forge GitLab (https://forgemia.inra.fr) pour le déploiement d’applications et d’applications web sur le framework galaxy.

PROJET : Hackathons inter-CATI omiques

PORTEUR : Jacques LAGNEL

CATI/PEPI : CATI PlantBreed

PORTEUR : Yannick DE OLIVEIRA

CATI/PEPI : CATI PlantBreed

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Jacques LAGNEL et Yannick DE OLIVEIRA, CATI PlantBreed

Fabrice LEGEAI et Bernhard GSCHLOESSL, CATI BARIC

Claire HOEDE, Luc JOUNEAU et Géraldine PASCAL, CATI BIOS4Biol

Hélène CHIAPELLO et Valentin LOUX, CATI BOOM

Michaël ALAUX et Raphaël FLORES, CATI GREP

TYPE DE PROJET : projet de type atelier hackathon

RÉSUMÉ DU PROJET :

Dans la continuité des Hackathons 2019, 2020 (en distanciel) et 2021, nous proposons d’organiser un autre événement de ce type pour poursuivre la structuration de la communauté des ingénieurs en bioinformatique travaillant sur les données omiques, intégrer les nouveaux arrivants, mutualiser nos compétences et travailler ensemble sur des projets communs lorsque les thématiques sont partagées par nos CATI respectifs. Notre objectif cette année sera d’encourager les participants à proposer des sujets et cas d’utilisation afin d’organiser des ateliers parallèles en mode hackathon.

PROJET : IBIS Anim'

PORTEUR : Véronique BRUNAUD

CATI/PEPI : PEPI IBIS

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Véronique BRUNAUD, bureau PEPI IBIS (pôle annotation)

Martine DA ROCHA, Jacques LAGNEL (pôle annotation)

Fabrice LEGEAI, Amandine VELT, bureau PEPI IBIS (pôle intelligence artificielle)

Claire HOEDE, bureau PEPI IBIS (pôle métagénomique)

Anne-Laure ABRAHAM, Samuel MONDY, Sébastien TERRAT (pôle métagénomique)

Sandra DÉROZIER, bureau PEPI IBIS (pôle text-mining)

Mouhamadou BA (pôle text-mining)

TYPE DE PROJET : projet structurant de type séminaire

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le PEPI IBIS souhaite poursuivre les animations au niveau des différents pôles existants, notamment les pôles “annotation de génomes” et “métagénomique”. Il va également proposer à la communauté deux nouveaux pôles thématiques autour de l’intelligence artificielle (IA) et du text-mining. C’est dans ce cadre que le PEPI IBIS propose l’organisation de deux journées distinctes ouvertes à l’ensemble de la communauté afin d’échanger sur ces thématiques.

PROJET : MetaSaurus

PORTEUR : Olivier FILANGI

CATI/PEPI : CATI eMPrEInTE / CATI PROSODIe / DipSO

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Sophie AUBIN – CATI PROSODIe & DipSO

David BENABEN – CATI PROSODIe

Magalie WEBER – Département TRANSFORM & DipSO

Franck GIACOMONI et Olivier FILANGI – CATI eMPrEInTE

TYPE DE PROJET : projet structurant

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le projet MetaSaurus se propose de mettre en relation et de réunir des experts de l’ingénierie des connaissances et des experts en science des données du domaine de la métabolomique avec pour objectifs de bâtir un modèle de connaissance adapté aux études métabolomiques en s'appuyant sur les ontologies, thésaurus et vocabulaires contrôlés publiés, afin d’en extraire une méthodologie de construction d'un modèle des connaissances pour une communauté scientifique à partir de ce cas d'usage dans le but ultime d’enrichir le thésaurus INRAE des concepts de ce modèle de connaissance qui ne sont pas encore formalisés.

PROJET SK8-2

PORTEUR : Jean-François REY

CATI/PEPI : CATI IMOTEP / PEPI-2G / Pépinière Avignon

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Jean-François REY / CATI IMOTEP / PEPI-2G / Atelier Numérique d’Avignon

Isabelle SANCHEZ / CATI CODEX

Florent BLAISE / CATI GEDEOP

Patrick CHABRIER / CATI IUMAN

Elise MAIGNÉ / CATI BIOS4Biol

Eric MALDONADO / CATI SoNet / Drums

Amandine VELT / CATI BARIC

Daniel JACOB / CATI PROSODie

TYPE DE PROJET : projet structurant de type formation et hackathons

RÉSUMÉ DU PROJET :

Le projet consiste à consolider une communauté R Inrae en proposant la gestion et l'hébergement d'applications R-Shiny à INRAE (Formation & Hackathon).

PROJET SysInfoInrae

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE PORTEUSE ET RESPONSABLE :

Eric MALDONADO,CATI SoNET

Vincent NÈGRE, CATI CODEX

Alexandre JOURNAUX, CATI SICPA

Sandro BIMONTE, MathNum

TYPE DE PROJET : projet structurant de type animation d’une communauté

RÉSUMÉ DU PROJET :

Les journées sysinfo@INRAE ont comme but de fédérer les chercheurs, ingénieurs et « usagers » des systèmes d’information pour l’agriculture et l’environnement au sein de INRAE tout en ayant des éclairages et retours d'expériences et état de l'art d'intervenants de la recherche académique française.

PROJET Xamarin

PORTEUR : Alexandre JOURNAUX

CATI/PEPI : CATI SICPA

COMPOSITION DE L’ÉQUIPE RESPONSABLE :

Alexandre JOURNAUX – CATI SICPA

Jacques LAGNEL – CATI PlantBreed

Audrey PALAIN SAINT AGATHE – CNUE – CATI SoNET

TYPE DE PROJET : Projet structurant type hackathon

RÉSUMÉ DU PROJET :

L’objectif de ce projet est d’organiser un hackathon afin de construire une communauté INRAE autour de la technologie Xamarin et de développer des briques logicielles communes, réutilisables et interopérables qui seront mises à disposition à travers une forge, sous licence open source.